Рахимов Муртаза Губайдуллович родился в деревне Таваканово Кугарчинского района Башкирской АССР. Башкир. Отец, Губайдулла Зуфарович Рахимов, после Великой Отечественной войны работал председателем ряда хозяйств и в 1956 году награждён орденом «Знак Почёта».

В 1956 году окончил Уфимский нефтяной техникум и начал работать оператором на Уфимском нефтеперерабатывающем заводе.

В 1964 году без отрыва от производства окончил Уфимский нефтяной институт (вечерняя форма обучения).

С 1960 по 1976 год работал на Уфимском нефтеперерабатывающем заводе начальником установки, заместителем начальника цеха, заместителем начальника производства, заместителем главного инженера по пуску и наладке новых производств.

С 1976 по 1978 год работал главным химиком — заместителем главного инженера, с 1978 по 1986 год — главным инженером, а с 1986 по 1990 год — директором завода.

Являлся членом КПСС с 1974 по август 1991 года.

Избирался народным депутатом СССР и членом Верховного Совета СССР, народным депутатом Республики Башкортостан и Уфимского городского Совета народных депутатов.

С 1990 по 1993 год — Председатель Верховного Совета Республики Башкортостан. В этот период были приняты Декларация о государственном суверенитете Республики Башкортостан (11 октября 1990 г.), подписаны Федеративный Договор и Приложение к Федеративному Договору от Республики Башкортостан (31 марта 1992 г.), новая Конституция Республики Башкортостан (24 декабря 1993 г.).

В августе 1991 вначале поддержал ГКЧП, но после его проигрыша объявил о выходе из КПСС и поддержке Президента РСФСР Ельцина.

12 декабря 1993 года всенародно избран первым Президентом Республики Башкортостан, набрав 63 % голосов избирателей. В ходе первого президентского срока был подписан Договор Российской Федерации и Республики Башкортостан о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Башкортостан (3 августа 1994 г.).

14 июня 1998 года на выборах переизбран на пост Президента Республики Башкортостан на второй срок, набрав 70,2 % голосов. Основной соперник Риф Каззакулов, министр лесного хозяйства республики набрал 9 % голосов избирателей.

В 1993—2001 годах являлся по должности членом Совета Федерации РФ, позднее — членом Государственного Совета РФ.

21 декабря 2003 года в соответствии с Федеральным законом «Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации» М. Г. Рахимов, набрав во втором туре 78,01 % голосов, в третий раз всенародно избран Президентом Республики Башкортостан[2].

14 мая 2004 года присвоено звание «Почётный гражданин города Уфы».

В середине сентября 2006 года досрочно поставил перед Президентом РФ Владимиром Путиным вопрос о доверии. 5 октября Владимир Путин внёс в Курултай Республики Башкортостан его кандидатуру для утверждения на новый срок. 10 октября 2006 года депутаты Государственного Собрания — Курултай Республики Башкортостан наделили Муртазу Рахимова президентскими полномочиями на новый пятилетний срок.

В 2007 году присвоено звание «Почётный гражданин Белорецкого района и города Белорецк». В том же году стал почётным гражданином Нефтекамска.

12 июля 2010 года М. Г. Рахимов на встрече с руководителем администрации президента РФ Сергеем Нарышкиным заявил о намерении досрочно покинуть свой пост.[3]

15 июля 2010 года Президент Российской Федерации Дмитрий Медведев принял отставку М.Рахимова с поста президента Республики Башкортостан.[4]

С 22 октября 2010 года является Председателем Совета Благотворительного фонда «УРАЛ»[5], контролирующего 63 млрд рублей, вырученных от продажи ОАО «АНК „Башнефть"», уфимских нефтеперерабатывающих заводов и ОАО «Башкирнефтепродукт» в 2009 году[6].

С 8 декабря 2010 года по 29 июня 2012 года — член Совета директоров ОАО АНК «Башнефть»[7].